Stage Interno: Confronto di approcci per lo spliced alignment

Descrizione

Il problema dello spliced alignment consiste nel allineare una porzione di trascritto con un genoma di riferimento. II programma che affronta questo problema viene detto spliced aligner e realizza uno dei passi principali di un sistema di predizione di splicing alternativo: PIntron. 

L’obiettivo dello stage consiste nel sostituire in PIntron lo spliced aligner attualmente utilizzato con GSnap e verificare sperimentalmente gli effetti di tale sostituzione nei tempi di esecuzione e nella qualità delle predizioni.

Luogo

DISCo – Unimib

Requisiti

Conoscenze basilari del linguaggio di programmazione C.

Competenze acquisibili

Capacità di lavorare su programmi scritti in C. Capacità di eseguire e comprendere una valutazione statistica dei risultati di una sperimentazione. Capacità di usare un sistema di controllo di versione (git). Capacità di relazionarsi con persone aventi competenze eterogenee, lavoro di team, tempistiche di consegna e valutazione di fattibilità.

Risultati attesi

Aggiornamento del programma PIntron. Realizzazione di una sperimentazione per valutare le modifiche apprortate.

Per informazioni contattare

Gianluca Della Vedova <gianluca.dellavedova@unimib.it> o Raffaella Rizzi <raffaella.rizzi@unimib.it>

Tempo di realizzazione

3 mesi