Stage Interno: Rifattorizzazione programma per il calcolo di splicing alternativo

Descrizione

PIntron è un programma sviluppato dal nostro gruppo di ricerca per il calcolo della struttura esoni-introni di un gene. Questo software viene attualmente utilizzato per alimentare uno dei principali database biologici  dedicati agli effetti del fenomeno biologico chiamato splicing alternativo.

Per adattare questo software ai dati derivanti dalle nuove tecnologie di sequenziamento, diventa necessario pensare una rifattorizzazione del codice ed alla preparazione di un insieme di test (di regressione e unit test) per evitare di compromettere la qualità delle predizioni.

Luogo

DISCo – Unimib

Requisiti

Conoscenze basilari del linguaggio di programmazione C e di test dei programmi.

Competenze acquisibili

Capacità di lavorare su programmi scritti in C. Capacità di usare un sistema di controllo di versione (git). Capacità di relazionarsi con persone aventi competenze eterogenee, lavoro di team, tempistiche di consegna e valutazione di fattibilità.

Risultati attesi

Aggiornamento del programma PIntron. Realizzazione di una sperimentazione per valutare le modifiche apprortate.

Per informazioni contattare

Gianluca Della Vedova <gianluca.dellavedova@unimib.it> o Raffaella Rizzi <raffaella.rizzi@unimib.it>

Tempo di realizzazione

3 mesi