Stage Interno: valutazione di programmi per il calcolo della trasformata di Burrows-Wheeler

Descrizione

LightStringGraph è un programma sviluppato dal nostro gruppo di ricerca per l’assemblaggio del genoma a partire da dati derivanti dalle nuove tecnologie di sequenziamento. Questo programma è basato sull’algoritmo chiamato trasformata di Burrows-Wheeler, e incorpora un programma che implementa tale algoritmo.

Recentemente è stata proposta una nuova implementazione alternativa: ropebwt. Questo stage ha come obiettivo modificare LightStringGraph per utilizzare ropebwt, valutandone le conseguenze in termini di tempi di calcolo.

Luogo

DISCo – Unimib

Requisiti

Conoscenze basilari del linguaggio di programmazione C++.

Competenze acquisibili

Capacità di lavorare su programmi scritti in C++. Capacità di usare un sistema di controllo di versione (git). Capacità di relazionarsi con persone aventi competenze eterogenee, lavoro di team, tempistiche di consegna e valutazione di fattibilità.

Risultati attesi

Aggiornamento del programma LightStringGraph. Realizzazione di una sperimentazione per valutare le modifiche apprortate.

Per informazioni contattare

Gianluca Della Vedova <gianluca.dellavedova@unimib.it>

Tempo di realizzazione

3 mesi