Stage Esterno: YABioPipe: Bioinformatics pipelines for everyone

Descrizione

Vogliamo realizzare una interfaccia web che permetta ai bioinformatici di sviluppare e monitorare pipeline bioinformatiche per il processamento di dati High Troughtput Sequencing (HTS) sul cluster di calcolo di INGM. Il cluster e’ implementato usanto TORQUE per la gestione delle risorse, Pipengine e’ il framework per la definizione delle pipeline, Torque_rm ( https://github.com/helios/torque_rm ) e’ un set di API per interfacciare Pipengine con torque tramite protocollo ssh. Parte dell’applicazione e’ gia presente ma richiede una refactoring e l’implementazione di nuove fetaure come la gestione degli utenti, maggiore interattivita durante la scrittura della pipeline, una gestione della cronologia delle analisi eseguite generando l’opportuna reportistica. Attualmente la scrittura e la gestione dei processi e’ eseguita tutta tramite riga di comando, l’idea e’ quella di creare una sorta di pannello di controllo e sviluppo per i bioinformatici di INGM.

Luogo

Istituto Nazionale di Genetica Molecolare  — Milano — http://www.ingm.org

Requisiti

Conoscenze basilari di Linux, Ruby.

Competenze acquisibili

Capacità di relazionarsi con persone aventi competenze eterogenee, lavoro di team, tempistiche di consegna e valutazione di fattibilità, utilizzo delle librerie javascript Bootstrap, metodologie di sviluppo agile, rudimenti di gestione e configurazione di un server di calcolo.

Risultati attesi

Una applicazione web funzionante che permetta la sottomissione di pipeline bioinformatiche, con un design snello e accattivante.

Per informazioni contattare

Gianluca Della Vedova <gianluca.dellavedova@unimib.it> oppure Raoul Bonnal <bonnal@ingm.org>

Tempo di realizzazione

3 mesi

Capacità di relazionarsi con persone aventi competenze eterogenee, lavoro di team, tempistiche di consegna e valutazione di fattibilità, concetti di database documentali (NoSQL)