Tesi Esterna: Analisi della variazione di affinità miRNA::target causata da SNP

Descrizione

I polimorfismi al livello di singolo nucleotide (SNP), possono causare la predisposizione o l’insorgenza di malattie attraverso il loro effetto sull’espressione di determinati geni, a livello post-trascrizionale. Recenti studi indicano infatti che gli SNP influiscono sull’efficienza dei micro RNA (miRNA) che si legano alla porzione UTR di alcuni geni (target), causando l’inibizione nella loro espressione. Tuttavia, nonostante il crescente numero di risultati pubblicati nelle banche dati (es. dbSNP) che mostrano l’associazione tra SNP e malattie, ad oggi vi sono solo poche risorse per analizzare la relazione miRNA::target. In particolare, le risorse disponibili per l’identificazione di queste modificazioni sono soggette ad alcuni problemi: 1) tipicamente utilizzano un singolo tool di predizione per identificare i siti target, nonostante l’impiego di un approccio integrato possa produrre risultati più accurati; 2) considerano solo le variazioni nei siti target, mentre le variazioni nelle sequenze dei miRNA possano portare a diversi meccanismi di regolazione; 3) scartano le variazioni nelle sequenze dei pre-miRNA che possono influenzare il processo di maturazione, ostacolando la corretta formazione del miRNA.
In questa tesi il candidato dovrà sviluppare un sistema di analisi bioinformatica per studiare l’impatto che gli SNP possono avere sulla relazione miRNA::target. L’obiettivo del lavoro è realizzare un database dotato di un’interfaccia web che, una volta rilasciato, permetterà ai biologi l’accesso ai risultati ottenuti.

Luogo

Istituto di Tecnologie Biomediche — Consiglio Nazionale delle Ricerche, Segrate (Mi)
http://www.itb.cnr.it

Requisiti

Conoscenza di sistemi Linux, conoscenza linguaggio di programmazione JAVA.

Competenze acquisibili

Inserimento in un gruppo attivo in ambito bioinformatico, introduzione all’utilizzo di strumenti per analisi di dati biologici e apprendimento dello sviluppo di database e interfacce web tramite JAVA.

Risultati attesi

Un database con relativa interfaccia web che permetta agli utenti di valutare l’impatto di uno SNP sulla funzionalità di un miRNA.

Per informazioni contattare

Paola Bonizzoni <paola.bonizzoni@unimib.it> oppure Ivan Merelli <ivan.merelli@itb.cnr.it>

Tempo di realizzazione

6 mesi