Proposta di tesi magistrale Assemblare grafi da sequenze è un classico problema in bioinformatica. Si vuole sviluppare un algoritmo per costruire un grafo di splicing (grafo di annotazione di un gene) a partire da sequenze long reads, che sono frammenti particolarmente lunghi. Per fare questo, si intende utilizzare un approccio basato su FM-index per confrontare […]
Read MoreProposta di tesi magistrale Il problema dell’allineamento di sequenze ad un grafo è un problema nuovo recentemente emerso nell’ambito dell’analisi del grafo del pangenoma (grafo che rappresenta genomi multipli). Il laboratorio BIAS ha sviluppato un tool di allineamento di short reads (frammenti della lunghezza di 150 basi) al grafo che rappresenta la struttura di un […]
Read MoreProposta di tesi magistrale La costruzione di un grafo di variazione (variation graph) che permetta di rappresentare un insieme di genomi viene fatta a partire da un allineamento multiplo dei genomi coinvolti. Al momento lo strumento più avanzato è seqwish, però quest’ultimo analizza principalmente gli allineamenti a coppie, perdendo quindi la visione d’insieme dell’allineamento e […]
Read MoreThe University of Milano-Bicocca (https://en.unimib.it/) is a young, multidisciplinary university active in various fields: economics and statistics, legal, scientific, medical, sociological, psychological, and pedagogical. It is an innovative university which has created an extensive network of collaborations that includes many world-famous universities, research centers and top corporations. In the Times Higher Education rankings 2015 dedicated […]
Read MoreThe main inspiration is A successful Git branching model by Vincent Driessen. The main difference is that we do not want (and cannot) manage different releases. Therefore we always have one current and supported version, stored in the master branch. The main branches t the core, the development model is greatly inspired by existing models […]
Read MoreIl gruppo di ricerca AlgoLab (http://www.algolab.eu/), principalmente associato con il laboratorio di Bioinformatica e Calcolo Naturale, propone Stage e Tesi riguardanti la gestione e analisi di grandi quantità di dati (big data analysis). Le proposte permettono agli studenti di acquisire competenze e conoscenze spendibili in ogni ambito professionale, quali Ruby, Ruby on Rails, Hadoop, Puppet, […]
Read MoreLectures (April-May 2012): 1. Introduction Part I April 16th (h. 10.30) Paola Bonizzoni (Università di Milano-Bicocca) The first lectures aim to provide the theoretical bases required to face the research topics introduced in the course, as well as the main technological motivations of big data. The course is oriented to computer scientists, physicists, statisticians, genetic […]
Read MoreIl gruppo di ricerca AlgoLab (http://www.algolab.eu/), principalmente associato con il laboratorio di Bioinformatica e Calcolo Naturale, propone Stage e Tesi riguardanti la gestione e analisi di grandi quantità di dati (big data analysis). Le proposte permettono agli studenti di acquisire competenze e conoscenze spendibili in ogni ambito professionale, quali Ruby, Ruby on Rails, Hadoop, Puppet, […]
Read MoreDescrizione Il nostro centro di ricerca ha come risorsa strategica la conoscenza immunologica derivante dall’esperienza dei ricercatori e dalle informazioni che ogni giorno altri laboratori producono sotto forma di articoli scientifici. Diversi database pubblici descrivono gran parte della conoscenza oggi disponibile ma non possono descrivere in dettaglio i singoli esperimenti che vengono condotti e soprattutto […]
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