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PhD position available

The University of Milano-Bicocca (https://en.unimib.it/) is a young, multidisciplinary university active in various fields: economics and statistics, legal, scientific, medical, sociological, psychological, and pedagogical. It is an innovative university which has created an extensive network of collaborations that includes many world-famous universities, research centers and top corporations. In the Times Higher Education rankings 2015 dedicated […]

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Our Git branching model

The main inspiration is A successful Git branching model by Vincent Driessen. The main difference is that we do not want (and cannot) manage different releases. Therefore we always have one current and supported version, stored in the master branch. The main branches t the core, the development model is greatly inspired by existing models […]

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Incontro di Presentazione di Stage e Tesi

Il gruppo di ricerca AlgoLab (http://www.algolab.eu/), principalmente associato con il laboratorio di Bioinformatica e Calcolo Naturale, propone Stage e Tesi riguardanti la gestione e analisi di grandi quantità di dati (big data analysis). Le proposte permettono agli studenti di acquisire competenze e conoscenze spendibili in ogni ambito professionale, quali Ruby, Ruby on Rails, Hadoop, Puppet, […]

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Ph.D. course: Massive data analysis in the Web and post-genomic era

Lectures (April-May 2012): 1. Introduction Part I April 16th (h. 10.30) Paola Bonizzoni (Università di Milano-Bicocca) The first lectures aim to provide the theoretical bases required to face the research topics introduced in  the course, as well as the main technological motivations of big data. The course is oriented to computer scientists, physicists, statisticians, genetic […]

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Incontro di Presentazione di Stage e Tesi

Il gruppo di ricerca AlgoLab (http://www.algolab.eu/), principalmente associato con il laboratorio di Bioinformatica e Calcolo Naturale, propone Stage e Tesi riguardanti la gestione e analisi di grandi quantità di dati (big data analysis). Le proposte permettono agli studenti di acquisire competenze e conoscenze spendibili in ogni ambito professionale, quali Ruby, Ruby on Rails, Hadoop, Puppet, […]

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Tesi: Creazione di un’applicazione Rails per l’annotazione e condivisione di dati e informazioni Immunologiche

Descrizione Il nostro centro di ricerca ha come risorsa strategica la conoscenza immunologica derivante dall’esperienza dei ricercatori e dalle informazioni che ogni giorno altri laboratori producono sotto forma di articoli scientifici. Diversi database pubblici descrivono gran parte della conoscenza oggi disponibile ma non possono descrivere in dettaglio i singoli esperimenti che vengono condotti e soprattutto […]

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Stage: Puppet per il provisioning in ambiente virtualizzato – cloud

Descrizione Un laboratorio di Bioinformatica è un ambiente dinamico dove nuovi software, librerie e strumenti in genere devono essere aggiornati e disponibili in breve tempo. Inoltre, la possibilità di costruire in casa un sistema Cloud consente di avere un numero variabile di istanze di macchine che devono essere amministrate in modo dinamico. La gestione di […]

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Tesi: Sviluppo ed estensione della API per il database Ensembl

Descrizione Il database Ensembl (www.ensembl.org) è uno dei principali database pubblici a livello mondiale che contiene informazioni sulle sequenze genomiche e relativi dati biologici delle principali specie oggetto di studio. L’API storica e ufficiale del database Ensembl è sviluppata da EBI (European Bioinformatics Institute, www.ebi.ac.uk) nel linguaggio Perl. In un processo di aggiornamento e di […]

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Stage: Creazione di un’applicazione in Rails per creare automaticamente sistemi di data warehouse per dati biologici.

Nell’ambito dei diversi progetti di ricerca attivi, vi è la necessità di sviluppare un sistema di data warehousing, che possa gestire ed immagazzinare i dati prodotti dalle nuove tecnologie di sequenziamento del genoma. Questo sistema dovrà rispondere a diverse caratteristiche, tra cui flessibilità e scalabilità per adattarsi alle grandi quantità di dati (centinaia di gigabyte) […]

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