Stage – BioRuby: progetto Bio-Images

in collaborazione con Istituto Nazionale di Genetica Molecolare – INGM (http://www.ingm.org/)

Descrizione

Il progetto Bio-Images (http://bioruby.open-bio.org/wiki/GSoC:Bio-images) si occupa di rappresentare graficamente oggetti biologici gestiti da BioRuby, in modo da permettere la visualizzazione e l’esportazione di tali dati biologici in modo semplice. Fra i dati che si desidera trattare, particolare rilevanza hanno i dati di Next Generation Sequencing (questi dati occupano facilmente centinaia di GB) che devono essere semplificati affinchè possano essere successivamente interpretate. Il progetto ha una rilevanza internazionale, testimoniata dalla partecipazione al Google Summer of Code (GSoC) 2011 (sotto l’egida della Open Bioinformatics Foundation).

Uno dei componenti fondamentali del progetto è la libreria Rubyvis che utilizza a sia volta la libreria Protovis (quest’ultimo progetto utilizza javascript). L’obiettivo specifico dello stage consiste nel valutare, pianificare ed iniziare la migrazione di Rubyvis da Protovis a d3.js (http://mbostock.github.com/d3), in quanto Protovis non è più attivamente sviluppato.

Requisiti: Conoscenza di base di Ruby e Javascript.

Competenze acquisibili: Programmazione e meta-programmazione in Ruby. Capacità di lavorare in un team distribuito geograficamente.

Risultati attesi: Migrazione di Rubyvis da Protovis a d3.js, oppure selezione di una libreria alternativa a d3.js e migrazione a tale libreria.

Tempo di realizzazione: 3 mesi

Contatti:
Gianluca Della Vedova (referente interno) – gianluca.dellavedova@unimib.it
Raoul Bonnal (referente esterno) – bonnal@ingm.org