Proposta di tesi magistrale Assemblare grafi da sequenze è un classico problema in bioinformatica. Si vuole sviluppare un algoritmo per costruire un grafo di splicing (grafo di annotazione di un gene) a partire da sequenze long reads, che sono frammenti particolarmente lunghi. Per fare questo, si intende utilizzare un approccio basato su FM-index per confrontare […]
Read MoreProposta di tesi magistrale Il problema dell’allineamento di sequenze ad un grafo è un problema nuovo recentemente emerso nell’ambito dell’analisi del grafo del pangenoma (grafo che rappresenta genomi multipli). Il laboratorio BIAS ha sviluppato un tool di allineamento di short reads (frammenti della lunghezza di 150 basi) al grafo che rappresenta la struttura di un […]
Read MoreProposta di tesi magistrale La costruzione di un grafo di variazione (variation graph) che permetta di rappresentare un insieme di genomi viene fatta a partire da un allineamento multiplo dei genomi coinvolti. Al momento lo strumento più avanzato è seqwish, però quest’ultimo analizza principalmente gli allineamenti a coppie, perdendo quindi la visione d’insieme dell’allineamento e […]
Read MoreWe are partecipating to the Alpaca project (ALgorithms for PAngenome Computational Analysis); an EU funded Innovative Training Network for talented PhD Students. In view of ultra-large amounts of genome sequence data emerging from rapidly advancing genome sequencing devices the driving, urgent question is: How can we arrange and analyze these data masses in a formally […]
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