Descrizione Cerciamo di capire come usare le ontologie disponibili per poter descrivere i dati di sequenziamento e le informazioni ad essi connesse. Partendo da una serie di dataset e risultati di analisi, cerchremo di valutare le possibili ontologie da utilizzare, convertiremo i dati in RDF e proveremo a usare alcuni triple store per interrogare rispondere […]
Read MoreDescrizione I dati di High Troughtput Sequencing sono tutti in formato testuale, l’output generato dai software di analisi bioinformatica e’ anch’ esso in formato testuale, quando si vogliono recuperare certi tipi di informazioni e’ sempre molto complicato dover gestire file e query con comandi GNU Linux. Prendendo ispirazione dal progetto bioruby-maf perchè non realizzare un […]
Read MoreDescrizione Vogliamo realizzare una interfaccia web che permetta ai bioinformatici di sviluppare e monitorare pipeline bioinformatiche per il processamento di dati High Troughtput Sequencing (HTS) sul cluster di calcolo di INGM. Il cluster e’ implementato usanto TORQUE per la gestione delle risorse, Pipengine e’ il framework per la definizione delle pipeline, Torque_rm ( https://github.com/helios/torque_rm ) […]
Read MoreDescrizione Vogliamo realizzare un’ applicazione web che ci permetta di catalogare, organizzare e gestire i dati clinici associati ai campioni biologici che utilizziamo per gli esperimenti di ricerca interna. Dovremo Utilizzeremo il framework di sviluppo web Ruby on Rails, il database documentale CouchDB. Opzionale: esportazione della base di dati in formato RDF. https://github.com/helios/bioruby-rdf http://it.wikipedia.org/wiki/Resource_Description_Framework Luogo […]
Read MoreDescrizione LightStringGraph è un programma sviluppato dal nostro gruppo di ricerca per l’assemblaggio del genoma a partire da dati derivanti dalle nuove tecnologie di sequenziamento. Questo programma è basato sull’algoritmo chiamato trasformata di Burrows-Wheeler, e incorpora un programma che implementa tale algoritmo. Recentemente è stata proposta una nuova implementazione alternativa: ropebwt. Questo stage ha come […]
Read MoreDescrizione PIntron è un programma sviluppato dal nostro gruppo di ricerca per il calcolo della struttura esoni-introni di un gene. Questo software viene attualmente utilizzato per alimentare uno dei principali database biologici dedicati agli effetti del fenomeno biologico chiamato splicing alternativo. Per adattare questo software ai dati derivanti dalle nuove tecnologie di sequenziamento, diventa necessario […]
Read MoreDescrizione Il problema dello spliced alignment consiste nel allineare una porzione di trascritto con un genoma di riferimento. II programma che affronta questo problema viene detto spliced aligner e realizza uno dei passi principali di un sistema di predizione di splicing alternativo: PIntron. L’obiettivo dello stage consiste nel sostituire in PIntron lo spliced aligner attualmente […]
Read MoreDescrizione Vogliamo realizzare un’applicazione web che si interfacci ad un software esistente (PIntron) che predice la struttura esoni-introni di un gene. Questo software viene attualmente utilizzato per alimentare uno dei principali database biologici dedicati agli effetti del fenomeno biologico chiamato splicing alternativo. L’obiettivo dello stage consiste nella creazione di una interfaccia web per utilizzare il […]
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