Proposta di tesi magistrale
Il problema dell’allineamento di sequenze ad un grafo è un problema nuovo recentemente emerso nell’ambito dell’analisi del grafo del pangenoma (grafo che rappresenta genomi multipli). Il laboratorio BIAS ha sviluppato un tool di allineamento di short reads (frammenti della lunghezza di 150 basi) al grafo che rappresenta la struttura di un gene (splicing graph).
Obiettivo del lavoro di tesi è estendere l’algoritmo all’allineamento di long reads ( > 10.000 basi) al grafo di splicing.