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Stage: Paralellizazione algoritmo di Simulated Annealing per inferenza di progressioni tumorali

Descrizione Recenti sviluppi riguardanti terapie specializzate per il trattamento di tumorali si basano su una accurata inferenza della progressione della malattia. Riuscire a capire l’ordine e la frequenza con cui le variazione somatiche vengono acquisite durante una progressione tumorale può aiutare a meglio definire strategie specifiche di trattamento della malattia. Recentemente il laboratorio di ricerca […]

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Stage: Ottimizzazione algoritmo di Maximum Likelihood per inferenza di progressioni tumorali

Descrizione Recenti sviluppi riguardanti terapie specializzate per il trattamento di tumorali si basano su una accurata inferenza della progressione della malattia. Riuscire a capire l’ordine e la frequenza con cui le variazione somatiche vengono acquisite durante una progressione tumorale può aiutare a meglio definire strategie specifiche di trattamento della malattia. Recentemente il laboratorio di ricerca […]

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Tesi: Algoritmi per l’assemblaggio di multiple stringhe di DNA

Descrizione Le recenti tecnologie di sequenziamento sono in grado di produrre un’ampia quantità di piccoli frammenti di DNA. Tuttavia, la complessità del genoma, tra cui le enormi dimensioni e le diffuse variazioni, rende necessario il disegno di algoritmi avanzati per l’assemblaggio dei frammenti finalizzato alla sua ricostruzione (necessaria per le importanti applicazioni in campo medico). […]

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Tesi: Euristiche applicate all’assemblaggio di aplotipi

Descrizione Le recenti tecnologie di sequenziamento sono in grado di produrre un’ampia quantità di piccoli frammenti di DNA. Tuttavia, la complessità del genoma, tra cui le enormi dimensioni e le diffuse variazioni, rende necessario il disegno di algoritmi avanzati per l’assemblaggio dei frammenti finalizzato alla sua ricostruzione (necessaria per le importanti applicazioni in campo medico). […]

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Tesi: Algoritmi di indicizzazione del grafo del pangenoma

Descrizione La tesi si occupa di modellare, disegnare e implementare nuovi metodi di pattern matching dove il testo non è più una struttura lineare, ma è rappresentabile da un grafo orientato aciclico dove i vertici corrispondono a porzioni di genoma condivisi da uno o più individui e gli archi identificano le varianti genomiche presenti in […]

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Stage Interno: Diff da Allineamento

Descrizione Uno degli strumenti principali per il controllo di versione è diff, che permette di calcolare e visualizzare le modifiche fra due file. Diff deve riuscire a mostrare un insieme minimale di modifiche da apportare al primo file per ottenere il secondo file. La strategia principale è basata sul problema del calcolo della sottosequenza comune […]

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Stage Esterno: Gestione di configurazioni Docker

Descrizione All’interno dell’Istituto Nazionale di Genetica Molecolare (INGM), il laboratorio di Ricerca e Sviluppo di Bioinformatica, facente capo al programma “Integrative Biology”, ha l’obiettivo di sperimentare e sviluppare nuovi approcci alle analisi bioinformatiche, in particolare quelle relative al trattamento dei dati di Next Generation Sequencing (NGS). Una volta che i metodi e le procedure di […]

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Stage Esterno: Gestione di sistemi di deployment basati su Docker in infrastrutture vincolate

Descrizione All’interno dell’Istituto Nazionale di Genetica Molecolare (INGM), il laboratorio di Ricerca e Sviluppo di Bioinformatica, facente capo al programma “Integrative Biology”, ha l’obiettivo di sperimentare e sviluppare nuovi approcci alle analisi bioinformatiche, in particolare quelle relative al trattamento dei dati di Next Generation Sequencing (NGS). Una volta che i metodi e le procedure di […]

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Tesi Esterna: Analisi della variazione di affinità miRNA::target causata da SNP

Descrizione I polimorfismi al livello di singolo nucleotide (SNP), possono causare la predisposizione o l’insorgenza di malattie attraverso il loro effetto sull’espressione di determinati geni, a livello post-trascrizionale. Recenti studi indicano infatti che gli SNP influiscono sull’efficienza dei micro RNA (miRNA) che si legano alla porzione UTR di alcuni geni (target), causando l’inibizione nella loro […]

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Stage Esterno: Il web semantico per i dati di sequenziamento

Descrizione Cerciamo di capire come usare le ontologie disponibili per poter descrivere i dati di sequenziamento e le informazioni ad essi connesse. Partendo da una serie di dataset e risultati di analisi, cerchremo di valutare le possibili ontologie da utilizzare, convertiremo i dati in RDF e proveremo a usare alcuni triple store per interrogare rispondere […]

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