Proposta di tesi magistrale
Assemblare grafi da sequenze รจ un classico problema in bioinformatica. Si vuole sviluppare un algoritmo per costruire un grafo di splicing (grafo di annotazione di un gene) a partire da sequenze long reads, che sono frammenti particolarmente lunghi. Per fare questo, si intende utilizzare un approccio basato su FM-index per confrontare tra loro long-reads nella costruzione del grafo.
Il lavoro di tesi prevede sia una parte teorica che implementativa e sperimentale.