Stage Interno: Rifattorizzazione programma per il calcolo di splicing alternativo

Descrizione

PIntron è un programma sviluppato dal nostro gruppo di ricerca per il calcolo della struttura esoni-introni di un gene. Questo software viene attualmente utilizzato per alimentare uno dei principali database biologici  dedicati agli effetti del fenomeno biologico chiamato splicing alternativo.

Per adattare questo software ai dati derivanti dalle nuove tecnologie di sequenziamento, diventa necessario pensare una rifattorizzazione del codice ed alla preparazione di un insieme di test (di regressione e unit test) per evitare di compromettere la qualità delle predizioni.

Luogo

DISCo – Unimib

Requisiti

Conoscenze basilari del linguaggio di programmazione C e di test dei programmi.

Competenze acquisibili

Capacità di lavorare su programmi scritti in C. Capacità di usare un sistema di controllo di versione (git). Capacità di relazionarsi con persone aventi competenze eterogenee, lavoro di team, tempistiche di consegna e valutazione di fattibilità.

Risultati attesi

Aggiornamento del programma PIntron. Realizzazione di una sperimentazione per valutare le modifiche apprortate.

Per informazioni contattare

Gianluca Della Vedova <gianluca.dellavedova@unimib.it> o Raffaella Rizzi <raffaella.rizzi@unimib.it>

Tempo di realizzazione

3 mesi

Stage Interno: Confronto di approcci per lo spliced alignment

Descrizione

Il problema dello spliced alignment consiste nel allineare una porzione di trascritto con un genoma di riferimento. II programma che affronta questo problema viene detto spliced aligner e realizza uno dei passi principali di un sistema di predizione di splicing alternativo: PIntron. 

L’obiettivo dello stage consiste nel sostituire in PIntron lo spliced aligner attualmente utilizzato con GSnap e verificare sperimentalmente gli effetti di tale sostituzione nei tempi di esecuzione e nella qualità delle predizioni.

Luogo

DISCo – Unimib

Requisiti

Conoscenze basilari del linguaggio di programmazione C.

Competenze acquisibili

Capacità di lavorare su programmi scritti in C. Capacità di eseguire e comprendere una valutazione statistica dei risultati di una sperimentazione. Capacità di usare un sistema di controllo di versione (git). Capacità di relazionarsi con persone aventi competenze eterogenee, lavoro di team, tempistiche di consegna e valutazione di fattibilità.

Risultati attesi

Aggiornamento del programma PIntron. Realizzazione di una sperimentazione per valutare le modifiche apprortate.

Per informazioni contattare

Gianluca Della Vedova <gianluca.dellavedova@unimib.it> o Raffaella Rizzi <raffaella.rizzi@unimib.it>

Tempo di realizzazione

3 mesi

Stage Interno: Sviluppo applicazione web per indentificazione di splicing alternativi

Descrizione

Vogliamo realizzare un’applicazione web che si interfacci ad un software esistente (PIntron) che predice la struttura esoni-introni di un gene. Questo software viene attualmente utilizzato per alimentare uno dei principali database biologici  dedicati agli effetti del fenomeno biologico chiamato splicing alternativo.

L’obiettivo dello stage consiste nella creazione di una interfaccia web per utilizzare il software. Nello stage è previsto l’utilizzo del framework di sviluppo web Ruby on Rails.

Luogo

DISCo – Unimib

Requisiti

Conoscenze basilari di programmazione web.

Competenze acquisibili

Capacità di sviluppare applicazioni web con Ruby on Rails. Capacità di usare un sistema di controllo di versione (git). Capacità di relazionarsi con persone aventi competenze eterogenee, lavoro di team, tempistiche di consegna e valutazione di fattibilità.

Risultati attesi

Progettazione e implementazione di un’applicazione web per la bioinformatica.

Per informazioni contattare

Gianluca Della Vedova <gianluca.dellavedova@unimib.it>

Tempo di realizzazione

3 mesi