Descrizione
LightStringGraph è un programma sviluppato dal nostro gruppo di ricerca per l’assemblaggio del genoma a partire da dati derivanti dalle nuove tecnologie di sequenziamento. Questo programma è basato sull’algoritmo chiamato trasformata di Burrows-Wheeler, e incorpora un programma che implementa tale algoritmo.
Recentemente è stata proposta una nuova implementazione alternativa: ropebwt. Questo stage ha come obiettivo modificare LightStringGraph per utilizzare ropebwt, valutandone le conseguenze in termini di tempi di calcolo.
Luogo
DISCo – Unimib
Requisiti
Conoscenze basilari del linguaggio di programmazione C++.
Competenze acquisibili
Capacità di lavorare su programmi scritti in C++. Capacità di usare un sistema di controllo di versione (git). Capacità di relazionarsi con persone aventi competenze eterogenee, lavoro di team, tempistiche di consegna e valutazione di fattibilità.
Risultati attesi
Aggiornamento del programma LightStringGraph. Realizzazione di una sperimentazione per valutare le modifiche apprortate.
Per informazioni contattare
Gianluca Della Vedova <gianluca.dellavedova@unimib.it>
Tempo di realizzazione
3 mesi