Proposta di tesi magistrale Assemblare grafi da sequenze è un classico problema in bioinformatica. Si vuole sviluppare un algoritmo per costruire un grafo di splicing (grafo di annotazione di un gene) a partire da sequenze long reads, che sono frammenti particolarmente lunghi. Per fare questo, si intende utilizzare un approccio basato su FM-index per confrontare […]
Read MoreProposta di tesi magistrale Il problema dell’allineamento di sequenze ad un grafo è un problema nuovo recentemente emerso nell’ambito dell’analisi del grafo del pangenoma (grafo che rappresenta genomi multipli). Il laboratorio BIAS ha sviluppato un tool di allineamento di short reads (frammenti della lunghezza di 150 basi) al grafo che rappresenta la struttura di un […]
Read MoreProposta di tesi magistrale La costruzione di un grafo di variazione (variation graph) che permetta di rappresentare un insieme di genomi viene fatta a partire da un allineamento multiplo dei genomi coinvolti. Al momento lo strumento più avanzato è seqwish, però quest’ultimo analizza principalmente gli allineamenti a coppie, perdendo quindi la visione d’insieme dell’allineamento e […]
Read MoreDescrizione Recenti sviluppi riguardanti terapie specializzate per il trattamento di tumorali si basano su una accurata inferenza della progressione della malattia. Riuscire a capire l’ordine e la frequenza con cui le variazione somatiche vengono acquisite durante una progressione tumorale può aiutare a meglio definire strategie specifiche di trattamento della malattia. Recentemente il laboratorio di ricerca […]
Read MoreDescrizione Recenti sviluppi riguardanti terapie specializzate per il trattamento di tumorali si basano su una accurata inferenza della progressione della malattia. Riuscire a capire l’ordine e la frequenza con cui le variazione somatiche vengono acquisite durante una progressione tumorale può aiutare a meglio definire strategie specifiche di trattamento della malattia. Recentemente il laboratorio di ricerca […]
Read MoreDescrizione Le recenti tecnologie di sequenziamento sono in grado di produrre un’ampia quantità di piccoli frammenti di DNA. Tuttavia, la complessità del genoma, tra cui le enormi dimensioni e le diffuse variazioni, rende necessario il disegno di algoritmi avanzati per l’assemblaggio dei frammenti finalizzato alla sua ricostruzione (necessaria per le importanti applicazioni in campo medico). […]
Read MoreDescrizione Le recenti tecnologie di sequenziamento sono in grado di produrre un’ampia quantità di piccoli frammenti di DNA. Tuttavia, la complessità del genoma, tra cui le enormi dimensioni e le diffuse variazioni, rende necessario il disegno di algoritmi avanzati per l’assemblaggio dei frammenti finalizzato alla sua ricostruzione (necessaria per le importanti applicazioni in campo medico). […]
Read MoreDescrizione La tesi si occupa di modellare, disegnare e implementare nuovi metodi di pattern matching dove il testo non è più una struttura lineare, ma è rappresentabile da un grafo orientato aciclico dove i vertici corrispondono a porzioni di genoma condivisi da uno o più individui e gli archi identificano le varianti genomiche presenti in […]
Read MoreDescrizione Uno degli strumenti principali per il controllo di versione è diff, che permette di calcolare e visualizzare le modifiche fra due file. Diff deve riuscire a mostrare un insieme minimale di modifiche da apportare al primo file per ottenere il secondo file. La strategia principale è basata sul problema del calcolo della sottosequenza comune […]
Read MoreDescrizione All’interno dell’Istituto Nazionale di Genetica Molecolare (INGM), il laboratorio di Ricerca e Sviluppo di Bioinformatica, facente capo al programma “Integrative Biology”, ha l’obiettivo di sperimentare e sviluppare nuovi approcci alle analisi bioinformatiche, in particolare quelle relative al trattamento dei dati di Next Generation Sequencing (NGS). Una volta che i metodi e le procedure di […]
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