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Stage: Puppet per il provisioning in ambiente virtualizzato – cloud

Descrizione Un laboratorio di Bioinformatica è un ambiente dinamico dove nuovi software, librerie e strumenti in genere devono essere aggiornati e disponibili in breve tempo. Inoltre, la possibilità di costruire in casa un sistema Cloud consente di avere un numero variabile di istanze di macchine che devono essere amministrate in modo dinamico. La gestione di […]

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Tesi: Sviluppo ed estensione della API per il database Ensembl

Descrizione Il database Ensembl (www.ensembl.org) è uno dei principali database pubblici a livello mondiale che contiene informazioni sulle sequenze genomiche e relativi dati biologici delle principali specie oggetto di studio. L’API storica e ufficiale del database Ensembl è sviluppata da EBI (European Bioinformatics Institute, www.ebi.ac.uk) nel linguaggio Perl. In un processo di aggiornamento e di […]

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Stage: Creazione di un’applicazione in Rails per creare automaticamente sistemi di data warehouse per dati biologici.

Nell’ambito dei diversi progetti di ricerca attivi, vi è la necessità di sviluppare un sistema di data warehousing, che possa gestire ed immagazzinare i dati prodotti dalle nuove tecnologie di sequenziamento del genoma. Questo sistema dovrà rispondere a diverse caratteristiche, tra cui flessibilità e scalabilità per adattarsi alle grandi quantità di dati (centinaia di gigabyte) […]

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Analisi sperimentale di algoritmi di clustering

Il problema del clustering è uno dei più comuni in Informatica e consiste nel raggruppare elementi “simili” di un insieme, data una opportuna nozione di similarità. Abbiamo disegnato alcuni algoritmi ed effettuato un’analisi di natura teorica per tali algoritmi. Siamo interessati ad implementarli e a analizzare sperimentalmente la bontà di tali algoritmi.

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Realizzazione di un database per la gestione di informazioni genomiche

Lo splicing alternativo è il meccanismo biologico che espande la complessità del proteoma negli organismi multicellulari. PIntron è un progetto di ricerca, sviluppato all’interno del laboratorio, che si occupa di sviluppare strumenti software per la predizione di eventi di splicing alternativo. L’obiettivo della tesi consiste nel disegnare una base di dati per la memorizzazione di […]

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