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Stage Esterno: YAScttr : Yet Another Scutter

Descrizione I dati di High Troughtput Sequencing sono tutti in formato testuale, l’output generato dai software di analisi bioinformatica e’ anch’ esso in formato testuale, quando si vogliono recuperare certi tipi di informazioni e’ sempre molto complicato dover gestire file e query con comandi GNU Linux. Prendendo ispirazione dal progetto bioruby-maf perchè non realizzare un […]

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Stage Esterno: YABioPipe: Bioinformatics pipelines for everyone

Descrizione Vogliamo realizzare una interfaccia web che permetta ai bioinformatici di sviluppare e monitorare pipeline bioinformatiche per il processamento di dati High Troughtput Sequencing (HTS) sul cluster di calcolo di INGM. Il cluster e’ implementato usanto TORQUE per la gestione delle risorse, Pipengine e’ il framework per la definizione delle pipeline, Torque_rm ( https://github.com/helios/torque_rm ) […]

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Stage Esterno: Clinic Meets Research: una applicazione web per la gestione dei dati clinici usati nella ricerca

Descrizione Vogliamo realizzare un’ applicazione web che ci permetta di catalogare, organizzare e gestire i dati clinici associati ai campioni biologici che utilizziamo per gli esperimenti di ricerca interna. Dovremo Utilizzeremo il framework di sviluppo web Ruby on Rails, il database documentale CouchDB. Opzionale: esportazione della base di dati in formato RDF. https://github.com/helios/bioruby-rdf http://it.wikipedia.org/wiki/Resource_Description_Framework Luogo […]

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Stage Interno: valutazione di programmi per il calcolo della trasformata di Burrows-Wheeler

Descrizione LightStringGraph è un programma sviluppato dal nostro gruppo di ricerca per l’assemblaggio del genoma a partire da dati derivanti dalle nuove tecnologie di sequenziamento. Questo programma è basato sull’algoritmo chiamato trasformata di Burrows-Wheeler, e incorpora un programma che implementa tale algoritmo. Recentemente è stata proposta una nuova implementazione alternativa: ropebwt. Questo stage ha come […]

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Stage Interno: Rifattorizzazione programma per il calcolo di splicing alternativo

Descrizione PIntron è un programma sviluppato dal nostro gruppo di ricerca per il calcolo della struttura esoni-introni di un gene. Questo software viene attualmente utilizzato per alimentare uno dei principali database biologici  dedicati agli effetti del fenomeno biologico chiamato splicing alternativo. Per adattare questo software ai dati derivanti dalle nuove tecnologie di sequenziamento, diventa necessario […]

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Stage Interno: Confronto di approcci per lo spliced alignment

Descrizione Il problema dello spliced alignment consiste nel allineare una porzione di trascritto con un genoma di riferimento. II programma che affronta questo problema viene detto spliced aligner e realizza uno dei passi principali di un sistema di predizione di splicing alternativo: PIntron.  L’obiettivo dello stage consiste nel sostituire in PIntron lo spliced aligner attualmente […]

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Stage Interno: Sviluppo applicazione web per indentificazione di splicing alternativi

Descrizione Vogliamo realizzare un’applicazione web che si interfacci ad un software esistente (PIntron) che predice la struttura esoni-introni di un gene. Questo software viene attualmente utilizzato per alimentare uno dei principali database biologici  dedicati agli effetti del fenomeno biologico chiamato splicing alternativo. L’obiettivo dello stage consiste nella creazione di una interfaccia web per utilizzare il […]

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Incontro di Presentazione di Stage e Tesi

Il gruppo di ricerca AlgoLab (http://www.algolab.eu/), principalmente associato con il laboratorio di Bioinformatica e Calcolo Naturale, propone Stage e Tesi riguardanti la gestione e analisi di grandi quantità di dati (big data analysis). Le proposte permettono agli studenti di acquisire competenze e conoscenze spendibili in ogni ambito professionale, quali Ruby, Ruby on Rails, Hadoop, Puppet, […]

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Incontro di Presentazione di Stage e Tesi

Il gruppo di ricerca AlgoLab (http://www.algolab.eu/), principalmente associato con il laboratorio di Bioinformatica e Calcolo Naturale, propone Stage e Tesi riguardanti la gestione e analisi di grandi quantità di dati (big data analysis). Le proposte permettono agli studenti di acquisire competenze e conoscenze spendibili in ogni ambito professionale, quali Ruby, Ruby on Rails, Hadoop, Puppet, […]

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Tesi: Creazione di un’applicazione Rails per l’annotazione e condivisione di dati e informazioni Immunologiche

Descrizione Il nostro centro di ricerca ha come risorsa strategica la conoscenza immunologica derivante dall’esperienza dei ricercatori e dalle informazioni che ogni giorno altri laboratori producono sotto forma di articoli scientifici. Diversi database pubblici descrivono gran parte della conoscenza oggi disponibile ma non possono descrivere in dettaglio i singoli esperimenti che vengono condotti e soprattutto […]

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