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Descrizione All’interno dell’Istituto Nazionale di Genetica Molecolare (INGM), il laboratorio di Ricerca e Sviluppo di Bioinformatica, facente capo al programma “Integrative Biology”, ha l’obiettivo di sperimentare e sviluppare nuovi approcci alle analisi bioinformatiche, in particolare quelle relative al trattamento dei dati di Next Generation Sequencing (NGS). Una volta che i metodi e le procedure di […]

Descrizione I polimorfismi al livello di singolo nucleotide (SNP), possono causare la predisposizione o l’insorgenza di malattie attraverso il loro effetto sull’espressione di determinati geni, a livello post-trascrizionale. Recenti studi indicano infatti che gli SNP influiscono sull’efficienza dei micro RNA (miRNA) che si legano alla porzione UTR di alcuni geni (target), causando l’inibizione nella loro […]

Descrizione Cerciamo di capire come usare le ontologie disponibili per poter descrivere i dati di sequenziamento e le informazioni ad essi connesse. Partendo da una serie di dataset e risultati di analisi, cerchremo di valutare le possibili ontologie da utilizzare, convertiremo i dati in RDF e proveremo a usare alcuni triple store per interrogare rispondere […]

Descrizione I dati di High Troughtput Sequencing sono tutti in formato testuale, l’output generato dai software di analisi bioinformatica e’ anch’ esso in formato testuale, quando si vogliono recuperare certi tipi di informazioni e’ sempre molto complicato dover gestire file e query con comandi GNU Linux. Prendendo ispirazione dal progetto bioruby-maf perchè non realizzare un […]

Descrizione Vogliamo realizzare una interfaccia web che permetta ai bioinformatici di sviluppare e monitorare pipeline bioinformatiche per il processamento di dati High Troughtput Sequencing (HTS) sul cluster di calcolo di INGM. Il cluster e’ implementato usanto TORQUE per la gestione delle risorse, Pipengine e’ il framework per la definizione delle pipeline, Torque_rm ( https://github.com/helios/torque_rm ) […]

Descrizione Vogliamo realizzare un’ applicazione web che ci permetta di catalogare, organizzare e gestire i dati clinici associati ai campioni biologici che utilizziamo per gli esperimenti di ricerca interna. Dovremo Utilizzeremo il framework di sviluppo web Ruby on Rails, il database documentale CouchDB. Opzionale: esportazione della base di dati in formato RDF. https://github.com/helios/bioruby-rdf http://it.wikipedia.org/wiki/Resource_Description_Framework Luogo […]